Même s’il se tourne vers la médecine et plus spécialement l’optique physiologique, Thomas Young possède une parfaite connaissance de nombreuses langues orientales.
En 1813, il tente de déchiffrer la pierre de Rosette et découvre la relation avec le copte en reconnaissant dans le texte grec plusieurs noms de mois coptes. Par tradition, le calendrier copte est resté identique à ce qu’il était dans le passé : il s’agit en fait du calendrier égyptien. En l’occurrence, le grec transcrit donc tout simplement l’égyptien.
Reprenant le travail de l’abbé Barthélemy, il reconnaît que les noms royaux étaient entourés de cartouches et tente d’attribuer une valeur alphabétique aux signes trouvés dans ceux-ci. Il parvient à indiquer la place du cartouche de Ptolémée sur la pierre de Rosette et celui de Bérénice sur un autre document mais n’arrive pas à définir la valeur phonétique exacte de tous les signes, certains étant jugés « superflus ». L’application de son alphabet à d’autres mots s’avéra d’ailleurs inexacte.
Il émit ensuite l’hypothèse que les hiéroglyphes étaient purement idéographiques et qu’une utilisation alphabétique de ces signes n’était qu’accidentelle, pour retranscrire les noms propres étrangers.
Afin de publier les inscriptions hiéroglyphiques, il crée en 1819 une société égyptienne, entreprise qu’il abandonne en 1827 pour se tourner vers l’étude du démotique.
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